负责建筑三级资质审核的部门是区县、市级建设行政主管部门，不过除了区县、市级建设行政主管部门，有一些建筑资质证书的审核部门还有其他，其中只需要一个部门审核的，具体分析如下：

1、当建筑企业想要办理三级专包资质或三级总包资质时，企业所在地的住建局可直接审批;

2、如重庆市住建厅，属于省级住建主管部门，主要审批专包一、二级资质和总包二级资质，值得注意的是：铁路专包三级资质和通信、铁路总包三级资质也是由住建厅审批办理，而铁路、民航的二级专包资质和公路、水利、铁路等一级专包资质需由住建部许可;

3、住建部是直属国务院下，审批权限最高的住建部门，特级资质、一级总包资质、个别特殊一、二级专包资质都是由住建部审批的。

除了一个部门审核的资质证书以外，在建筑行业中，部分资质证书需要两个部门同时审核才行，具体分析如下：

1、涉及通信方面的资质

通信工程施工总承包资质，这个建筑资质是需要建设行政主管部门和通信部门同时审核通过才可以领取通信工程施工总承包资质证书。

2、涉及公路方面的资质

公路工程施工总承包资质、公路路面工程专业承包资质、公路路基工程专业承包资质、公路交通工程专业承包资质。这些建筑资质证书还需要交通部门一起审核，才可以领取资质证书。

3、涉及水利方面的资质

水利水电工程施工总承包资质、水工金属结构制作与安装工程专业承包资质、河湖整治工程专业承包资质、水利水电机电安装工程专业承包资质。这些建筑资质证书还需要水利部门一起审核，才可以领取资质证书。

4、涉及铁路方面的资质

铁路工程施工总承包资质、铁路电务工程专业承包资质、铁路铺轨架梁工程专业承包资质、铁路电气化工程专业承包资质。这些建筑资质证书还需要铁路部门一起审核，才可以领取资质证书。