高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营年限)的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品(服务)收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。

高新技术企业专项审计涉及研发费用的部分，主要是年度会计年度研发费用结构明细表，近三个会计年度研发开发费用汇总表，以及近三年研发开发费用总额占销售收入总额比例情况表，编制原则和方法，以及说明。

但需要注意的是，企业近三个会计年度 的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比值，且最近一年销售收入小于5000万元(含)、在5000万元至2亿元(含)、在2亿元以上的企业，在对用阶段的研发费用比值分别不低于5%、4%、3%;企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%;委托外部研究开发费用按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额。

近一年高新技术产品(服务)专项审计是对企业申报上一年的高新技术产品(服务)收入的审计，最终符合的要求的收入是否占企业总收入的60%以上。主要的资料是前一年度企业产品(服务)收入情况和申请前一年度高新技术产品(服务)收入明细表。

另外，需要提醒大家的是，由于高新技术企业资产自颁发证书之日起，有效期为三年，期满前三个月内企业应提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。