税务稽查是税务管理的一项重要工作，其目的是确保纳税人依法履行纳税义务，维护税收秩序。在税务稽查中，纳税申报问题是一个关键的焦点。正确应对税务稽查中的纳税申报问题，不仅可以保障企业合法权益，还能有效降低税务风险，提升企业经营的稳定性和可持续性。

合规申报

首先，企业应当严格遵守税法法规，按照规定完成纳税申报工作。合规申报是企业遵守税法的基本要求，也是企业建立良好税务合规风险管理制度的核心内容。企业应加强内部管理，建立健全的财务会计体系和纳税申报流程，确保所得税、增值税等各项税种的准确申报和及时缴纳。

另外，企业在申报过程中要严格遵循税务政策，合理利用税收优惠政策，最大限度地降低税负，但不得违反法律法规进行虚假报税或逃避税款缴纳。

完善内部控制

其次，企业应建立健全内部控制制度，加强财务会计管理。内部控制是企业自我管理和监督的重要手段，对于规范企业经营行为、提高财务报告的可靠性和准确性具有重要意义。企业应加强财务核算，确保财务数据的真实性和完整性，及时发现和纠正错误和漏报。

此外，企业应加强内部审计，建立独立、客观的审计机构，对企业经营活动和财务状况进行全面审计，及时发现和解决存在的问题和风险。

积极配合税务稽查

在税务稽查过程中，企业应积极配合税务机关的稽查工作，主动提供相关资料和信息。企业应加强与税务机关的沟通和协调，及时回应税务机关的询问和要求，配合税务机关进行现场检查和核实，确保稽查工作的顺利进行。

同时，企业应保持诚信，如实向税务机关说明问题，积极配合整改和补正，尽快消除不符合税法规定的行为和问题，减轻税务处罚和风险。

寻求专业帮助

对于纳税申报问题较为复杂或存在争议的企业，可以寻求专业税务顾问或律师的帮助。专业的税务顾问和律师具有丰富的税务法律知识和经验，能够为企业提供专业的税务咨询和法律意见，帮助企业合理应对税务稽查中的纳税申报问题，最大限度地保障企业的合法权益。

同时，企业还可以加强与会计师事务所等专业机构的合作，定期进行财务审计和税务审计，及时发现和解决存在的问题和风险，提高企业纳税申报的准确性和规范性。

及时学习更新税法政策

税法是动态变化的，企业应及时了解和学习最新的税法法规和政策，确保纳税申报工作符合最新的法律法规要求。企业可以通过参加税务培训和研讨会、定期阅读税务法规和政策文件等方式，加强对税法的理解和掌握，提高纳税申报的及时性和准确性。

此外，企业还应密切关注税务政策的变化，根据实际情况及时调整和优化纳税策略，合理规避税收风险，保障企业的合法权益。

加强风险预警和应对

最后，企业应建立健全风险预警和应对机制，加强对税务风险的识别和评估。企业可以通过建立税务风险评估模型、定期开展税务风险评估和排查、加强内部控制和管理等方式，及时发现和应对存在的税务风险，降低税务风险对企业经营的影响。

同时，企业应建立健全应对突发税务事件的应急预案，加强组织协调和沟通，及时应对税务风险事件，最大限度地减少损失和影响。

综上所述，正确应对税务稽查中的纳税申报问题，是企业建立良好税务合规风险管理制度、提高税务合规水平、保障企业可持续发展的重要举措。企业应严格遵守税法法规，完善内部控制，积极配合税务稽查，寻求专业帮助，及时学习更新税法政策，加强风险预警和应对，共同维护税收秩序，促进经济社会的健康发展。