个体工商户每个季度申报生产经营所得税，纳税一共有三种税收制度，分别是查账征收、核定征收和定期定额征收。

查账征收：

这种方法较为严格，适用于账户健全、核算准确的个体工商户;另外如果达到条件的个体工商户，也可以由其他征收方法改为查账征收;

核定征收：

对于具有一定情形的个体户，税务部门核定其应纳税额进行征收;

定期定额征收：

税务部门根据相关规定对个体工商户在一定经营时间核定其应纳税收入或所得额和应纳税额进行征收。

个体户因为数量非常多规模较小，大多数都是采用后两种办法征收的。

根据《个体工商户税收定期定额征收管理办法》规定，税务机关可以采用下列方法进行核定：

1、按照耗用的原材料、燃料、动力等推算或者测算核定;

2、按照成本加合理的费用和利润的方法核定;

3、按照盘点库存情况推算或者测算核定;

4、按照发票和相关凭据核定;

5、按照银行经营账户资金往来情况测算核定;

6、参照同类行业或类似行业中同规模、同区域纳税人的生产、经营情况核定;

7、按照其他合理方法核定。

对于个体工商户纳税，虽然采用的是从3%至35%的超额累进税率，但是对于月销售额不超过3万(含3万)或者一个季度销售额不超过9万的个体户，是可以免征税。