公司注册完成后，不仅仅需要注意对公司内部员工的管理，还需要注意对公司的经营事项把握，否则不仅可能会存在一些税务上的风险，还可能会影响到公司的整体运营，那么对于公司注册后，在运营中，哪些问题会影响到公司呢？

1、私户发放工资

有的企业朋友以为通过现金支付，或者个人私户对公司的员工去支付工资，可以避免企业的员工缴纳个人所得税，同时也避开税务部门的监督。其实这种方法是错误的，现在银行与税局的数据库进行了链接，也就是说不管你用什么账户，最终都会很轻松被查出来的，如果情节严重是肯定会有处罚的。

2、发票扣除异常

企业的正常抵税项目，主要就是通过纳税是的税前抵扣，也就导致了许多的企业主开始通过虚报自身的营业费用，但是如果长期，或者过多的购买这类发票，在税局的大数据稽查下，是非常容易让企业的问题暴露的，最终受到严厉的处罚。

3、个人补贴不申报

许多企业有意无意地独立计算给予雇员的补贴，如膳食补贴、电话费补贴、房间补贴和其他补贴，而不是将其并入工资，以免被纳入个人税收的范围。然而这种操作是明确规定需要纳入的，到时就很可能导致企业受到处罚。

4、公司逾期记账报税

公司逾期做账报税或者逾期交税等，这种情况是最严重的也是最大几率发生的税务异常的一种方式，自然税局也会锁死公司的电子税务局，只能去税局的办公地进行报税，解除了异常才能再行使用。