实践中，经常有纳税人接到税务机关通知，因上游供应商走逃、失联，从上游取得的增值税专用发票已被认定为异常增值税扣税凭证（以下简称“异常凭证”），需要作进项转出，并可能补缴增值税。

多数接到通知的纳税人会一头雾水，什么是异常凭证？为什么上游供应商的税务问题会由下游企业承担责任？自认为“背锅”的下游企业又该如何应对？

本文将通过分享财合税经办的真实案例，结合异常凭证的相关规定，从其范围、处理流程、救济途径及现实困境等方面进行梳理，共同探讨企业取得异常凭证的正确应对之策。

财合税真实案例案情简介

湖北某科技有限公司（以下简称“A公司”）是一家贸易公司，成立于2011年06月14日，系一人有限公司，经营范围主要为电子元器件、电子产品、数码产品的技术开发及购销和芯片销售。

A公司分别于2024年6月1日，2024年7月1日，2024年7月1日，2024年8月1日，2024年11月11日收到当地主管税务机关出具的5份税务事项通知书，告知企业需将取得的已证实虚开进项发票或认证后失控的进项发票等异常增值税抵扣凭证在当期作进项税额转出处理，需补缴相应的增值税款约为40万元，并要求将取得的异常扣除凭证不得作为合规扣除凭证在企业所得税税前扣除，企业所得税并未告知补缴的具体金额，根据往年申报的数据经初步测算约为40万左右。

增值税、企业所得税及其滞纳金共计约为110万。

因A公司与上述税务事项通知书中的5家合作公司之间的业务交易真实，只是从上述五家公司取得的发票不合规，A公司负责人希望财合税专家团队能与当地主管税局沟通，尽量争取不交或少交通知需补缴的增值税和企业所得税，以及对应的滞纳金。

2024年1月，财合税专家团队在接受委托后立刻组织了专业人员进行处理，由于受当地疫情影响，无法第一时间到达现场。

为了不影响进展，项目团队通过线上的方式，向A公司负责人了解项目具体情况。

由于时间比较久远，A公司的账务和资料保存不够完善，于是项目团队详细编制了需提供的资料清单，指导A公司按照资料清单种类对现有资料进行整理查找，尽可能梳理有利于后期同税务局沟通的资料。

项目团队同时结合税务局文书、税收政策文件和已经了解的情况，对项目可能存在的情况和未来的处理思路进行研判。

2024年2月中旬，待当地疫情好转后，项目团队第一时间赶到了A公司，在了解清楚具体情况和收集到有关证据资料后同当地主管税务机关进行了充分沟通。

案情分析

1、以上5份税务事项通知书针对的增值税事项该如何应对处理？

项目团队了解到A公司在税务信用等级上并非是A级，并且5份税务事项通知书要求A公司进行税务处理的时间均在以前年度，分别为2024年和2024年。

根据2024年38号公告，增值税一般纳税人取得增值税专用发票列入异常凭证范围的，若已经申报抵扣增值税进项税额，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。

在转出之后，纳税人对税务机关认定的异常凭证存有异议的，可以向主管税务机关提出核实申请。

经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣相关规定的，纳税人可继续申报抵扣。

项目团队结合有关税收法规向A公司负责人介绍说明了尽快将5份税务通知书进行进项税额转出处理的必要性，以减少不必要的滞纳金损失。

同时，项目团队也告知了A公司若可以重新取得相应业务的合规抵扣凭证，也可以在后期重新作进项认证抵扣。

2、以上5份税务事项通知书针对的企业所得税事项该如何应对处理？

经过与A公司相关人员的沟通，并查证了有关资料后，项目团队发现A公司存在以上五份税务事项通知书相对应的真实业务。

根据《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。

另外，根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2024年第28号）的规定，因对方特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，企业应当按照本办法第十四条的规定，自被告知之日起60日内提供可以证实其支出真实性的相关资料作税前扣除。

项目团队在充分收集并提交了非现金支付凭证、业务合同或协议、运输凭证、仓储装卸凭证、能耗支出凭证以及账务资料等证明交易真实性的证明材料后，就A公司业务交易的真实性同主管税务机关进行了充分有效的沟通，并最终取得了主管税务机关的认可，无需再补缴企业所得税及其滞纳金。

3、以上5份税务事项通知书针对的增值税和企业所得税的滞纳金该如何应对处理？

根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函［2007］1240号）的规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征管法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。

因此，在A公司存在真实交易的基础上，A公司符合善意取得的客观要件，同时A公司也没有偷逃税款的故意，根据上述规定A公司无需缴纳自发票认证抵扣之日到税务事项通知书之日的滞纳金，进项转出之日应为税务事项通知书要求的当期，而不是认证抵扣的所属期，即增值税滞纳时间从税务文书通知次日或要求的申报期截止次日起算。

案件结果

2024年6月，A公司听取了财合税专家团队的意见后，将5份税务事项通知书要求的异常抵扣发票作了进项税额转出，并缴纳了自税务事项通知书出具当月申报期截止日至税款缴纳之日的增值税滞纳金，没有补缴企业所得税及其滞纳金。

最终，A公司的该涉税风险事项得到了彻底有效解除。