办理一个EDI证年检的费用因地区和机构不同而有所差异。一般来说，办理EDI证年检所需的费用主要包括以下几个方面：

1.工商年检费用：一般在500元左右，具体金额以当地工商部门为准。

2.税务年检费用：根据企业所在地区和税务部门规定，一般在1000元左右。

3.社保年检费用：企业所在地社保部门收取，一般在500元左右。

4.质检年检费用：根据企业所属行业和质检部门规定，一般在900元左右。

5.海关年检费用：根据企业进出口情况和海关部门规定，费用一般在1500元左右。

6.外汇年检费用：在外汇管理部门办理，费用一般在800元左右。

7.商务年检费用：根据企业所属行业和商务部门规定，一般在1200元左右。

综合以上各项费用，办一个EDI证年检大约需要6000元左右。需要注意的是，以上费用仅供参考，实际办理过程中可能因地区、部门和政策调整而有所变动。建议企业在办理EDI证年检前，向当地相关部门咨询具体费用。

另外，为了确保EDI证年检的顺利进行，企业还需准备相关材料，如营业执照、税务登记证、组织机构代码证、企服快车许可证等。具体所需材料以当地部门要求为准。