自然人独资企业营业执照注销流程包括三个步骤：向税务机关申请注销税务登记、申请注销个人独资企业营业执照、持清税报告等信息到当地税务注销部门注销。

一、自然人独资企业营业执照注销流程

注销自然人独资企业营业执照的流程如下：

1.向税务机关申请注销税务登记，领取并填写相应表格。

2.向注册地工商局申请注销个人独资企业营业执照。

3.需要委托中介机构出具清税报告。如有欠税，应在付款后撤销所有银行账户。

4.持清税报告、清税申请表、清税登记表、注销税务登记申请审批表、注销企业提供的税务登记(正本、副本)、代码章、发票卡、IC卡、加密箱、空白发票、上级主管部门或者股东大会撤销企业决定书、公章到当地税务注销部门办理注销手续。

二、刚注册的公司怎么注销营业执照

刚注册的公司注销营业执照流程：

1.登报

2.在注销税务（一般公司有国税地税）之前，缴清所有税款，如有逾期缴税情况，应补缴税款及罚款滞、纳金，必须缴清以前年度残疾人保障金（如在注销税务之后发现以上款项未缴纳，注销程序就变得麻烦和复杂）

3.缴清所有款项之后先去营业税所在税务所注销税务（一般的公司在国税） 然后去另一个税务局注销（一般为地税）

4.国地税注销完之后， 去注销工商营业执照

5.最后注销组织机构代码证

三、原店主不注销营业执照可以转让店吗

依据我国相关法律规定，原店主是可以在不注销营业执照的情况下转让店铺的，但需要办理营业执照的变更登记，变更营业执照的经营者。

《个体工商户登记管理办法》

第十五条　申请个体工商户变更登记，应当提交下列文件：

（一）申请人签署的个体工商户变更登记申请书；

（二）申请经营场所变更的，应当提交新经营场所证明；

（）国家工商行政管理总局规定提交的其他文件。

第二十六条　个体工商户变更登记涉及营业执照载明事项的，登记机关应当换发营业执照。