差别关税是对不同国家的进口货物使用有差别待遇的关税。一般征收进口关税的原则是不论货物来自何国或产自何国均应一视同仁，对同一种商品使用同样的税率征收关税，但由于政治、经济、外交等方面的原因，也存在着对同一种商品由于其生产国或出口国家不同或输入情况不同而使用有差别的不同税率征收关税的情况。

差别关税可以分为两大类：

一类是使用低于一般税率的优惠关税，对与本国有友好贸易协定的国家使用，以增进相互之间的贸易往来。例如，国际间双边优惠关税、最惠国待遇优惠关税，关税及贸易总协定缔约方多边(普遍)最惠国优惠待遇关税，发达国家对发展中国家实行普遍优惠制的优惠关税，洛美协定中欧共同体对一些发展中国家的特惠关税等。这些关税的税率比普通税率低，一般都在税则中正式制订税率，公布实施。

另一类是使用高于一般税率的加重关税，或称歧视性关税。过去曾把这种歧视性关税称为差别关税。歧视性关税是保护贸易主义的产物，盛行于重商主义时期。英国曾在17世纪为了争夺和垄断海上运输霸权，制订了《航海条例》使用国旗加重税，规定从亚、非、美各洲运进英国的货物和从欧洲大陆运到英国的列入“名单”的货物，必须使用英国籍船舶运进，否则加倍征收关税。

法国等国也使用间接输入税抵制由英国转口输入的货物。最近一个时期以来，保护贸易主义又趋昌盛，美国感到某个国家的货物进口过多或该国对美国出口货物的进口被认为有歧视时，则以对该国进口到美国的货物征收惩罚性关税(一般要征收100%的关税)进行威胁，以迫使对方让步。针对某个国家的进口货物使用加重关税，往往引起对方国家采取同样手段，使用报复关税，因而引起双方的关税战或贸易战，进而阻碍两国经济贸易的顺利进行。

因此，关税及贸易总协定倡导贸易自由化，反对歧视性的差别关税。但对出口倾销与出口贴补等行为认为是不公正的竞争，允许受到损害的国家对构成倾销或贴补的进口货物征收反倾销税或反贴补税。这两种关税都属于加重关税，不按一般法定税率征收，而按其倾销幅度或贴补金额另行征收。