虽然自由贸易区和深圳注册公司的自由贸易区都发挥着类似自由港的作用，但在开放程度、功能设计和监督管理等方面仍存在较大差异。以下是钱百顺财税边肖整理的FTZ和FTZ注册公司的区别，供参考。

一是保税区受海关特殊监管，货物入驻前必须向海关登记。保税区内货物进出中国、境外或区内流动有不同的税收限制；自由贸易区是关税豁免区，在海关管辖范围之外没有贸易限制。

第二，在保税区存放货物有期限，一般为2 ~ 5年；在自由贸易区，货物的储存期是无限的。

三是由于保税区内货物“暂不征税”，货物实行账簿管理；在自由贸易区，货物的自由流动被认为是基本条件。大多数自贸区采用门到门的管理模式，简化了操作程序，降低了交易成本。

四是目前很多保税区功能比较单一，主要发挥中转和仓储作用，对周边经济带动作用有限；但自贸区一般为物流配送中心，进出口规模较大，加工贸易相对发达，对周边地区有较强的辐射作用，能促进区域经济发展。