自马德里商标注册之日起(或者在缔约方被后期指定的情况下，自后期指定之日起)，商标在每一个被指定缔约方受到的保护，如同直接向该缔约方的主管局提出商标注册申请一样。

如果在相关的时限内未通知国际局临时驳回，或者临时驳回后来被撤回，商标在每一个被指定缔约方受到的保护如同在该缔约方的主管局取得注册一样。

由此可见，一项国际注册相当于若干个国家注册。尽管是单一注册， 但是保护可以仅被部分被指定缔约方驳回，或者保护可以仅就部分被指定缔约方进行删减或者放弃。

同样，一项国际注册可以仅就部分被指定缔约方转让给新的注册人。一项国际注册也可以仅被一个或几个被指定缔约方宣告无效(例如基于不使用)。此外，对国际注册侵权行为必须在每个所涉缔约方分别采取措施。

这与欧洲联盟商标这样的单一地区性权利大不相同。

欧盟商标不能仅就权利所及领土的部分范围进行驳回、删减或转让。而且，对该商标权利所及领土的任何地方发生的侵权行为均可采取单一法律行动。