在登记机关的设置方面，由于目前我国行政机关主管模式的注册上海公司等商事登记机构设置在实践中存在诸多问题，对此，有学者提出我国应由法院或商会来主管注册上海公司等商事登记事务。

但上海注册公司代理机构认为，以行政机关模式设置注册上海公司等商事登记机构目前最适合我国国情。

我国若适用法院模式，其弊端在于：其一，我国缺乏以法院作为注册上海公司等商事登记机关的历史传统，若其承担登记任务，则势必产生内部机构重置、人员配备等一系列新问题，成本之高，动作之大难以承受，且其缺乏事登记工作的实际经验。

其二，我国各级法院审判任务繁重，若再将注册上海公司等商事登记交给法院主管，其将不堪重负，有可能影响法院正常审判工作质量。

其三，法院是国家司法机关，其主要职能是负责审判。

若由法院主管登记，在发生登记异议情况下，形成由法院自己裁决自己的悖论，有违司法客观、公正原则；若因登记人员的故意或过失造成登记错误，则应由法院及其登记人员依法承担相应的法律责任。

实际上，让法院自己追究自己的责任比较困难，即使能够追究，也会影响到法院的权威。

其四，虽然登记的主要功能在于公共服务，但其所负载的管理功能也不容否定，即使在西方国家也如此。

对商事活动的监督和管理，法院显然不及行政机关。

由商会组织主管注册上海公司等商事登记事务，虽然其有利于克服公权力对私权的侵蚀，但其本身存在着致命缺陷，以至于选择商会主管模式的国家较少。

商会是民间组织，因此不能达到国家机关所保障的注册上海公司等商事登记机构设置的权威性与统一性要求，这势必会影响到注册上海公司等商事登记公信力的可靠及登记的效率和质量。

综上分析，法院模式及商会等民间组织模式显然不符合我国国情。

我国目前由行政机关主管注册上海公司等商事登记，虽存在一定弊端，但以行政机关作为登记机关，使注册上海公司等商事登记具有较强的公信力，有利于维护交易活动的安全与效率，且经过长期的实践工作，也积累了不少经验。

对我国注册上海公司等商事登记机关的设置，应在尊重原有制度构架的基础上进行改革。

且从成本角度出发，应当对已有的制度框架给予充分的尊重，尽可能地利用已有的制度资源，减少制度变迁的成本。

改革的目标是：增强登记机构独立性，淡化其行政管理色彩。

根据我国代理公司注册等商事登记机构设置目标，可将目前设置于工商管理部门的登记机构从工商部门中相对独立出来，成为具有行政职能的事业单位，登记从业人员的工资通过国家财政拨款，但是登记机构的日常工经费可通过登记费用和信息查询费用实现自收自支。

登记机构相对立可消除工商管理部门的监督管理工作对登记部门产生的影响，也大大削弱登记部门的行政管理色彩，增强其服务意识。

登记机构由先国家拨款的行政机构变为自收自支的事业单位，通过收取登记费信息查询费获得工作经费，使商主体由原来的行政相对人转变为登记工作服务对象，有利于提高登记机构的服务水平，使其成为真正符合登记服务理念的服务机构。

在相对独立的注册上海公司等商事登记机构中，根据登记工作的三部门主要分为商主体（这里主要指企业法人）登记部门、营业登记部门、信息统计分析部门和事后监督部门，各部门间分工明确，各司其职，各负其责。

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