（1）财务预算和财务分析方法不够先进。在医院财务预算和财务分析过程中，一个非常重要的问题是财务预算和财务分析方法不够先进，在一定程度上导致相关工作效率无法有效提高。造成这种情况的原因主要有以下几个方面，一是医院财务管理工作的历史限制，二是相关人员不关心自己的工作，这些因素共同导致医院财务预算和财务分析方法不够先进，所以中国医院提高财务预算和财务分析效率，有必要改进现有的财务预算和财务分析方法。

（2）医院自身财务预算和财务分析部门监管薄弱。现阶段，医院财务预算和财务分析过程中存在的另一个问题是医院自身财务预算和财务分析部门监管薄弱，给我国医院财务管理带来极大不便。由于工作性质，财务管理需要多年来接触大量资金。如果财务管理相关人员的职业道德不合格，财务管理部门监管薄弱，必然导致医院财务侵权，造成医院资金损失。不仅如此，甚至可能因为财务管理过程中的问题而影响医院的整体发展。

（3）财务预算和财务分析所依赖的制度执行力较差。任何财务管理部门都有生存的财务预算管理制度，是相关人员在工作过程中比较的工作方法，对规范财务管理人员的工作流程，提高相关财务管理的效率具有重要意义。目前，我国大多数医院对制度建设的重视程度不高，导致实际工作过程中对财务预算制度的依赖性较差，影响医院整体财务管理工作和未来的长期发展。因此，要提高我国医院财务管理制度的效率，必须加强财务预算制度的建设。