商标注册制度本身也是平衡保护各方利益的有效手段,各国商标注册制度中都存在拒绝商标注册的实体标准与程序规则.国内法中商标注册制度需要平衡保护的利益主体主要包括以下几类:

一是商标所有权人,需要保护其商标私权利益,二是消费者,需要保护其免受混淆的公共利益,三是相关竞争者,需要保护其对注册商标所具有的竞争利益.平衡保护以上三方利益需要对商标注册进行一定的限制.

此外,各国也会为维护国家尊严以及保护消费者保护之外的社会公共秩序的需要,对商标注册进行相应的限制.因此,各国在国内法中都会出于利益平衡考虑对商标注册设置消极条件,限制某些商标获得注册的理由,这些理由一般也同样也适用于跨国商标注册,成为影响外国商标获得同样注册的制度性障碍.此外,许多国家还因特别的顾虑与利益考虑而并不愿积极承担参与跨国商标国际协调活动,对外国商标承担同样注册的义务.如有些国家担心本国的法律制度传统会受到国际协调运动的冲击,也有一些国家担心毫无保留的承担同样注册义务会损害本国消费者或企业的利益,如消费者因追崇外国驰名品牌,导致不理性消费,或者本国企业因外国跨国公司驰名商标的影响而受到竞争威胁.因此许多国家长期以来对同样注册态度持较为谨慎保留的态度,固守本国的商标注册制度并严格适用拒绝制度限制外国商标在本国的注册的.

总之,各国国内法中的商标注册拒绝制度以及对跨国商标注册持有的保留态度导致了以同样注册为目的的跨国商标注册国际协调运动发展相对缓慢.