个人独资企业是自然人投资的经济实体，其财产属于个人投资者，投资者以其个人财产对企业债务承担无限责任。

个人独资企业没有法人，只有自然人投资者。其实主体的问题是：个人独资有100万元的营业收入，发票已经开出。个人独资老板能拿出来吗？

100万元的业务收入已开票。显然，企业已经确认了收入，实现了纳税义务。

所以，作为个人独资企业，如果老板把这个收入拿出来，要看拿出来的具体目的。如果取出后，老板用于个人消费、家庭消费和家庭财产购买与企业生产经营无关，那么会计处理不能影响企业年度利润总额的计算，因为没有用于企业生产经营，影响利润总额的计算，从而导致应纳个人所得税的计算。

因此，老板拿出100万元后，如果这笔钱的使用与企业本身的生产经营无关，这100万元应视为个人独资企业对老板的利润分配，并入投资者个人生产经营所得，并按“经营所得”项目计算缴纳个人所得税。

如果这笔钱作为老板的贷款，应该在年底归还。如果跨年度不归还，不用于生产经营，则视为企业对老板的分红，个人所得税按照“利息、股息、红利所得”项目计算征收。

根据政策《财政部国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》(财税〔2083〕158号)

个人独资企业，虽然企业财产属于个人投资者，但已经发生纳税义务并取得收入。首先要正确计算各个环节的应纳税额，否则还是会面临税收风险。至于税后利润，老板可以自己决定。

但是，对于个人独资企业来说，核定征收更能体现其税收优势！核定征收后，总税负较低，一般在3%~5%左右！

企业通过个人独资企业进行规划也很简单。企业有利润后，可以通过外包的方式将其利润转移到个人独资企业。如果业务允许，可以直接由个人独资企业承担，这样企业就不用担心进项发票的问题。个人独资企业享受核定政策，综合税率低，因此税负会大大降低。

但是需要强调的是，企业的业务一定要真实，否则会有虚开的风险，所以不要因为小事而亏大！