第一，认定条件不同。根据税法规定，小规模纳税人连续12个月或者连续4个季度内销售额超过500万，就会被认定为一般纳税人，另外会计核算健全的企业可以根据需要申请登记为一般纳税人；一般纳税人是没有营业额相关的限制的。

第二，征收税率不同小规模纳税人统一征收率都是3%，目前开具普通发票是免税的（2024年12月31日已到期），一般纳税人按照行业一般分为6%、9%或者13%。

第三，增值税发票使用不同，一般纳税人可以开具和取得专用发票的，并且可以抵扣进项税额；小规模纳税人现在大多数可以自开增值税专用发票，但即使取得进项专用发票也不能抵扣增值税额。

第四，税收政策不同小规模纳税人季度收入不超过45万的，免征增值税。一般纳税人要是从事生产生活性服务业，就可以享受增值税的加计抵减政策。