商标是企业的一项重要资产，对于维护商标权益，公司必须时刻警醒。当一家公司发现其商标被他人注册后使用，我们就需要考虑展开商标撤三申请流程来解决这一问题。

一、法律规定

商标法规定，如有商标注册人占用或者滥用其自己注册的商标，导致其他人无法使用其合法商标的，其他人可以向商标局申请撤销该商标，即商标撤三申请。

二、申请人资格

商标撤三申请人有以下两种：

1.受到商标侵权的利害关系人；

2.经商标局授权代理的商标代理机构。

三、申请流程

1.申请书

商标撤三申请书中需说明申请人信息、被撤销注册商标的注册号、商品或服务类别等相关内容，并且需在规定时间内提交商标撤销证据材料。

2.商标撤销证据材料

商标撤销证据材料包括商标侵权行为证明材料、注册商标的使用证明材料等，需提供充分有效的证据，具体证据材料形式可根据需要进行选择，如股权变更协议、诉讼判决书等。

3.商标局审查

一般情况下，商标局会对商标撤三申请进行审查，如符合法定条件，商标局将撤销被申请人注册的商标，并予以注销。

四、撤销后的处理

商标户如果成功撤销被他人恶意注册的商标，在30日内可以终止侵权行为，并友好协商解决纠纷；如果无法解决，则可以通过司法途径维护商标权益。

总之，商标撤三申请需要精心准备材料，并遵循相关法规和流程，从而顺利解决商标侵权问题，保护企业的核心利益。