盒装模式下，软件许可合同因第三人修改软件代码并二次发行等行为而遭到干涉，权利人可直接追究行为人的著作权侵权责任。

行为人以“静态修改”的技术手段，对软件的代码进行修改并对修改后的代码进行打包二次发行，已经构成对软件著作权的直接侵害。

这类行为不仅涉及到软件许可合同的干涉，也有可能直接侵犯软件著作权。

修改后的软件安装包仍内置许可方所提供的软件许可合同，在权利标的发生变更的情况下，合同的成立与生效面临以下问题：

行为人修改软件安装包后仍以权利人为许可方，是否构成表见代理？行为人在软件安装包中仍内置许可方的软件著作权许可合同，该许可合同的标的之软件著作权的客体—软件—已遭到修改，受让方在订立点击合同时，点击“同意”而与许可方签订合同，但此时的合同标的已经发生变化，并不是许可方原本的软件著作权，软件代码已遭修改。

如前所述，权利人可直接追究行为人的侵权责任，如番茄花园案件、珊瑚虫QQ 案等。

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