1.完善高校科研经费管理制度，加强科研经费管理。高校财务科研管理部门应当根据我国有关规定和自身实际，制定各类科研费用的使用和管理制度，明确各部门的职责和权限；对科研项目管理人员进行相应的财务制度培训；财务部应积极参与科研项目的运作，引导项目经理合理编制科研预算，防止资金使用和资产购买短缺或浪费。科研费用到达后，财务部应积极做好资金核算和盈余资金处理工作。

2.加强高校预算管理能力，提高预算执行能力。高校管理层要重视本单位的财务预算管理，财务管理部门要积极组织财务预算编制的宣传、动员和培训，让高校各部门了解财务预算编制的重要性和必要性。

高校应制定财务预算管理措施，严格遵守，在预算工作中规范财务预算程序，促进“零基础预算”，有效整合高校财务预算实施、下一年度工作计划和中长期发展计划，完成“收入支出、整体协调”、科学、完整、详细的财务计划。

在预算执行中，要严格把关，定期或不定期检查预算执行情况，及时发现工作中出现的问题并加以纠正，不断提高预算执行力。

3. 加强财务风险意识，建立有效的高校财务风险控制机制

财务管理人员缺乏足够的财务风险意识是高校财务风险频发的原因之一。因此，高校财务部必须进一步加强对财务管理人员相关财务风险管理的教育，提高财务风险意识和财务风险管理水平。

建立一套相对完善可行的内部控制机制是高校控制财务风险的最重要基石，涵盖内部控制环境和内部控制体系。只有通过内部控制机制，明确财务风险管理的权责，严格管理，有效规范监督，才能最大限度地防范和降低高校财务工作面临的各种风险。