《商标法》第40条第3款规定,商标使用许可合同应当报商标局备案.但没有明确规定商标使用许可合同备案的效力.这里使用了"应当"这一词语,是否意味着不备案合同就不能生效呢,即备案是否为商标使用许可合同生效的必要条件呢?《商标法》和《商标法实施条例》虽然没有明确规定备案的效力,但一般认为,《商标法》关于商标使用许可合同应当备案的规定是一种倡导性的规定,而不是强制性规定.商标使用许可合同应当备案,这是因为备案可以使商标的使用许可关系公开,便于行政执法部门对商标使用行为的管理和监督,也有利于维护消费者的利益.但同时,商标使用许可行为是当事人之间的种民事行为,是一种自主行为,法律对其效力不宜过多干预.因此,《商标法》没有规定备案是商标使用许可合同备案生效的前提条件.为了对商标使用许可合同备案的效力有一个明确的规定,最高人民法院《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第19条规定,商标使用许可合同未经备案的,不影响该许可合同的效力,但当事人另有约定的除外.商标使用许可合同未在商标局备案的,不得对抗善意第三人.这一规定,明确了商标使用许可合同备案不是该许可合同生效的前提条件,而是对抗善意第三人的前提条件.所谓不得对抗善意第三人,是指如果该商标使用许可合同没有备案,则该使用许可对善意第三人没有约東力.被许可人不能以其是被许可人为由,向善意第三人主张其权利.如独占被许可人不能以其名义要求善意第三人停止侵权,赔偿损失等等.当然,如果当事人在商标使用许可合同中明确规定备案是该合同生效的前提条件,则不备案,该商标使用许可合同不能生效.

值得注意的是,不备案只是不影响该使用许可合同的效力.不备案,《商标法》和《商标法实施条例》也没有规定相应的处罚措施,但这不意味着不备案,被许可人和许可人不需承担其他有关商标使用许可管理的规定,即当事人仍需承担前述监督或保证商品质量,标明被许可人的名称和商品产地等责任.