驰名商标行政认定与司法认定的法律依据都是《商标法》.但是,行政认定与司法认定之间还是存在差异性的,主要有以下几点:

1.二者认定所依据的实体法相同,但操作时所依据的程序各异

由上可知,驰名商标行政认定与司法认定的法律依据都是《商标法》,即《商标法》作为规定有关权利和义务的实体法,是司法部门行政部门和权利主体、权利客体及利害关系人,都必须共同遵守的.行政部门认定驰名商标称之为依法行政,司法部门认定驰名商标称之为依法司法.但是,在具体操作的程序上,者是有差别的.行政部门认定驰名商标时,除了必须遵循《商标法》为前提外,还要依据行政法规和部门规章的规定办事,即要执行国务院发布的《商标法实施条例》和国家工商行政管理总局发布的《驰名商标认定和保护规定》.而司法部门认定驰名商标时,除了必须遵循《商标法》为前提外,主要依据司法解释来执行至于行政法规和部门规章可不执行.因为,立法、司法、行政是相对独立的,这也是建立法治型国家的必然要求.

2.二者的认定机构不一样

驰名商标的行政认定统一由国家工商总局商标局和商标评审委员会认定而驰名商标的司法认定是由审理案件的地方法院认定,商标民事纠纷第一审案件,由中级以上人民法院管辖.因此,对商标案件有管辖权的法院都可以认定.3.认定后的救济途径不一样

对驰名商标行政认定的结果是否可以请求复审或提起行政诉讼,目前没有明确的说法.但对工商行政管理部门作出的有关商标的具体行政行为（如行政处罚决定等）或商标评审委员会作出的裁定不服的,则可以提行政诉讼.对驰名商标的司法认定的结果,如果不服一审法院对驰名商标认定的结果,当事人可以向上一级法院提出上诉,在二审中对争议商标是否驰名的这一事实进行重新认定.如果对二审认定的结果仍然不服的,理论上还可以通过审判监督程序要求重新审理.

4.认定后的影响力有一定差别

由于通过行政途径取得的驰名商标是经国家工商总局商标局或商标评审委员会认定的,因而在全国工商行政管理系统具有很强的权威性,全国各级工商行政部门都会按有关驰名商标的特殊保护要求予以保护.

至于通过法院个案审理取得的驰名商标认定,往往是由具体审理该案的某个法院（大多是中级法院）认定的,相比之下,该认定在法院系统或认定法院当地的工商部门具有较高影响力,但在其他地方的工商部门则没有权威性.这并不是说,法院认定的驰名商标需要得到其它地方工商部门的认可才具有权威性,而是在现行管理体制下,一地法院认定的驰名商标如果要想在异地寻求工商部门的行政保护,则非常困难.比如,在企业名称登记、在不相同或不类似商品上使用与认定的商标相冲突的诸多方面,异地工商部门是没有义务以其他地方法院的意志为意志的;而工商部门作为商标主管部门,在全国省以下都实行了垂直管理体制,尤其包括日常管理工作面广量大的基层工商所,许多与商标有关的行政事务都是由其承担的.所以,按照领导与被领导、指导与被指导的行政及业务的对应关系,只有最高人民法院与国家工商行政管理总局在认定驰名商标方面建立某种联动机制,才能使法院系统认定的驰名商标具有较高的影响力与执行力.5.二者对驰名商标再认定或再审查的规定有所区别

就工商部门来说,对于曾被认定为驰名商标的,如果所受理的案件与已被作为驰名商标予以保护的案件的保护范围基本相同,且对方当事人对该商标驰名无异议,或者虽有异议,但不能提供该商标不驰名的证据材料的,受理案件的工商行政管理部门可以依据该保护记录的结论,对案件作出裁定或者处理.

如果所受理的案件与已被作为驰名商标予以保护的案件的保护范围不同,或者对方当事人对该商标驰名有异议,且提供该商标不驰名的证据材料的,应当由商标局或者商标评审委员会对该驰名商标材料重新进行审查并作出认定.

就人民法院来说,当事人对曾经被行政主管机关或者人民法院认定的驰名商标请求保护的,对方当事人对涉及的商标驰名不持异议,人民法院不再审查.提出异议的,人民法院依照商标法第十四条的规定审查.