会计集中核算是加强财务和财务资金管理的新举措，在其初始阶段与任何新事物相同。它也必须有其局限性和不完善性。具体情况如下：

（1）会计信息的真实性和监控问题

原始凭证是反映经济业务的最基本信息，对原始凭证的审计和监督是判断会计信息真实性的重要环节。由于会计中心人员不参与单位的具体业务，只能根据票据确定，一是看单位报销发票手续是否齐全，二是看票据是否规范合法。所有手续齐全，票据合法有效，无论反映的经济内容是否真实，都必须报销。由于分类不清楚，监管制度不完善，会计信息的真实性受到质疑。

（2）会计与财产物资管理的脱节

会计中心专注于会计、会计等工作。财产、物资和其他需要反映的客观经济事物仍然分散在单位中。如果单位领导和会计人员的法律概念薄弱，或由于工作疏忽，会计中心将无法了解各单位资产的实际情况。对于所有固定资产，会计中心只计算一级总账科目，明细账仍由单位登记保管，原单位处理财产和物资，会计与物资管理的脱节必然导致一些违法行为。

(三)经费支出标准问题

各预算单位应当执行不统一的资金支出标准。或者未按照资金支出标准执行，导致会计业务审计。会计中心难以把握原则和灵活性的规模，往往导致项目预算单位要求支付与会计中心拒绝支付的矛盾。

(四)管理层对本单位往来经济业务的控制

在处理单位经济业务时，由于单位会计人员不进行日常会计处理，会计中心只提供月度报告材料，使单位领导和会计人员不能及时掌握单位债权债务，给其结算工作增加了不必要的麻烦。

(五)预算治理问题

由于我国目前的预算治理制度和预算监督机制不完善，未能建立科学的公共支出预算治理制度；纳入会计中心治理的机构在部门预算标准化方面仍存在差距，预算控制和约束仍然很薄弱。