依据上海注册公司有关的法律和规定，对于注册特殊行业在办理代码证的时候也需要按照以下的程序进行办理。

1、关于注册公司组织代码证的登记。

注册特殊行业办理组织机构代码证，也需要依法在设立之日起三十天内进行办理，在办理的时候需要持负责人有效证明文件和身份证复印件办理企业组织代码登记。

2、关于注册公司组织代码证的变更。

对于注册的特殊行业同样如果组织机构代码登记事项发生变更的话，就需要在变更之日起三十天内持有关部门的核准变更文件或者是证明及代码证书的正本、副本和代码证IC卡来办理变更登记。

3、关于注册公司组织代码证的验证。

对于注册特殊行业公司和其他公司一样都需要在每年的九月到十二月对上年度十二月三十一日前颁发的组织代码证进行验证；在验证的时候需要注册企业办理者持代码证书的正本、副本、代码IC卡和有关证明文件及复印件进行办理验证登记，还需要提醒大家的是该环节为免费。

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