首先，明确医疗器械适用的CE认证指令。根据医疗器械的种类、功能和用途，确定适用的指令，如医疗器械指令(MDD)、体外诊断医疗器械指令(IVDD)或主动植入式医疗器械指令(AIMD)等。这是整个CE认证流程的起点。

接着，选择并申请合适的评审机构。在欧盟范围内，有多家知名的评审机构，如TUV、SGS、BSI等。申请时，需提交详细的产品信息和相关技术文件。

然后，进行初步评估和技术文件准备。评审机构会对生产厂家的生产条件和技术文件进行初步评估，确保产品符合CE认证的基本要求。

同时，生产厂家需准备完整的技术文件，包括产品开发、测试、使用说明书、品质保证流程等。

之后，进入现场检查和产品测试阶段。评审机构会派遣专家进行现场检查，核实产品信息和生产厂家的说法。

同时，产品需经过严格的测试，包括低电压测试和电磁兼容性测试等，确保产品在使用中的安全性和可靠性。

最后，评审机构根据评估结果颁发CE认证证书。证书分为自我声明和第三方认证机构颁发两种，具体取决于产品的风险等级和认证模式。获得CE认证后，医疗器械即可在欧盟市场合法销售和使用。