企业整体资产转让是指一家企业不需要解散而将其经营活动的全部(包括所有资产和负债)或其独立核算的分支机构转让给另一家企业，以换取代表接受企业资本的股权(包括股份或股票等)，包括股份公司的法人股东以其经营活动的全部或其独立核算的分支机构向股份公司配购股票。

一、不征收营业税和增值税

根据《关于转让企业产权不征收营业税问题的批复》(国税函[2002]165号)规定：

转让企业产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为，其转让价格不仅仅是由资产价值决定的，与企业销售不动产，转让无形资产的行为完全不同。

因此，转让企业产权的行为不属于营业税征收范围，不应征收营业税。

根据《关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》(国税函[2002]420号)规定：

转让企业全部产权是整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为。

因此，转让企业全部产权涉及的应税货物的转让，不属于增值税的征税范围，不征收增值税。

二、应缴纳印花税和土地增值税

根据《印花税暂行条例》及实施细则规定：企业整体转让属企业全部财产的所有权转让，应根据产权转让所立的书据依万分之五的税率缴纳印花税，但企业因改制签订的产权转移书据免征印花税。

根据《土地增值税暂行条例》及其实施细则规定：转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物(即转让房地产)具有法定增值额的应当依法缴纳土地增值税，转让非国有土地使用权及地上的建筑物、其附着物则不缴纳土地增值税。

三、收入增值达比例要缴企业所得税

根据《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》(国税发[2000]118号)规定：

如果在企业整体资产转让交易的接受企业支付的交换额中扣除非股权支付额高于所支付的股权的票面价值(或股本的账面价值)20%，就应该按照税法的有关规定，算出清算所得缴纳企业所得税。

根据《企业所得税法实施条例》第十一条、第六十七条规定：清算所得是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、外购商誉的支出、清算费用以及相关税费等后的余额。

再根据国家税务总局2008年6月19日发布的《企业重组与清算的所得税处理办法(讨论稿)》的意见，即：

企业的全部资产可变现价值或交易价格减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额为清算所得。

因此，这里的“资产净值”应该是纳税人的全部资产或者财产，扣除债务清偿损失、企业未分配利润、公益金和公积金后的余额，超过实缴资本的部分;这里的“税”应该是按税法规定缴纳的印花税和土地增值税。

例：某企业整体转让收入2500万元(不含非股权支付额)，经内部清算，企业注册资本金为1500万元，账面应付未付职工工资性款项180万元，拖欠各类税金100万元，企业累计未分配利润300万元，企业资本公积金120万元，外购商誉支出60万元。

判断是否应该确认资产转让所得或损失。

(2500-1500)÷1500×100%=66.67%

因该企业整体资产转让交易额超过股本的账面价值66.67%，所以，应该确认资产转让所得或损失，并计算缴纳企业所得税。

计算该企业整体转让应缴纳的企业所得税税额。

2500-1500-180-100-300-120-60=240(万元)

应缴企业所得税=240×33%=79.20(万元)

四、原股东按财产转让所得征个税

根据《关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》《国税函[2007]244号》规定：

通过签订股权转让协议，以转让公司全部资产方式将股权转让给新股东，协议约定时间以前的债权债务由原股东负责，协议约定时间以后的债权债务由新股东负责。

根据《个人所得税法》及其实施条例的规定，原股东取得股权转让所得，应按“财产转让所得”项目征收个人所得税。

此外，根据《关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》(国税函[2006]866号)规定：

企业整体成功转让后，转让方个人股东因受让方未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因财产转让而产生的收入。

转让方股东个人取得的该违约金应并入财产转让收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，但企业整体转让在计算股东应缴纳的个人所得税时不涉及外部的债权债务问题。

如上述例2：假设该企业是由5名股东投资兴办的农产品加工企业，其中董事长投资500万元，总经理投资400万元，其他3位股东各投资200万元。

整体转让过程中缴纳的有关税费合计135万元，转让后另向转入方收取延期付款违约金60万元。

则持股人应缴纳的个人所得税为：

股东应缴纳的个人所得税=(2500-180-100-1500-135+60)×20%=129(万元)

其中：董事长应缴纳的个人所得税=129÷1500×500=43(万元)

总经理应缴纳的个人所得税=129÷1500×400=34.40(万元)

其他3位股东各应缴纳的个人所得税=129÷1500×200=17.20(万元)