伊犁哈萨克自治州的公司在停止经营活动后，如果不进行正规的注销程序，将会面临多种潜在的风险和法律责任。公司注销是指公司依法终止其法人资格，停止一切业务活动，并进行清算的法律程序。未能按照法律规定注销公司可能导致以下几个方面的风险：

税务风险是最直接的问题。即使公司已经停止经营，但未正式注销的公司仍然被视为法律上存在的实体，需要按照法律规定继续履行纳税义务。如果公司未能按时申报税务，就可能会面临滞纳金和罚款。长时间不进行税务申报，税务机关还可能对公司进行税务稽查，导致更大的经济损失和法律责任。

其次，公司债务问题也不容忽视。未注销的公司依然需要对外承担债务责任。如果公司存在未清偿的债务，债权人有权随时提出债务清偿要求。由于公司已经停止运营，这种情况可能会影响到公司股东或法定代表人的个人财产安全，特别是在公司为有限责任公司的情况下，股东可能需要承担相应的连带责任。

此外，公司的商业信誉也会因为未注销而受到影响。在商业活动中，信誉是非常重要的资产。一旦市场上流传有关公司拖欠债务、逃避税务责任等不良信息，将严重影响公司的品牌形象，即使未来想要重新开业或创办新的企业也会受到影响。

再者，未注销的公司可能会面临政府的行政处罚。依据相关法律规定，公司若长时间不进行经营活动而不注销，可能会被视为违反了公司法等相关法律法规，从而面临政府部门的处罚，例如罚款、吊销营业执照等。

最后，不进行公司注销还可能带来潜在的法律诉讼风险。如果公司因为某种原因被他人起诉，而公司已经实际上停止运营，这种情况将给股东和法定代表人带来极大的不便和法律风险。

综上所述，伊犁哈萨克自治州的公司在停止经营后应及时进行法定的注销程序，以避免因公司未正式注销带来的各种风险和法律责任。

以下是关于此主题的5条常见QA：

Q1: 公司注销的流程是怎样的？ A1: 公司注销流程一般包括提交注销申请、公告债权人、清算债务、撤销税务登记、申请注销登记等步骤。

Q2: 注销公司需要多长时间？ A2: 注销公司的时间通常取决于公司的具体情况，如债务清算情况、资产处置情况等，一般需要几个月到半年不等。

Q3: 如果公司不注销，会有什么法律后果？ A3: 不注销公司可能会面临税务风险、债务问题、商业信誉损失、政府处罚和法律诉讼风险等。

Q4: 公司注销后，股东的责任还存在吗？ A4: 公司注销后，如果债务已经清算完毕，股东通常不再承担公司债务责任。但如果存在未清偿的债务，股东可能需要继续承担责任。

Q5: 小规模公司是否也需要注销？ A5: 不论公司规模大小，只要是依法成立的公司，在停止经营后都需要依法进行注销，以免产生不必要的法律风险。