自然人股东股权转让缴纳个人所得税的方式是，当事人转让股权的所得财产应当按照20%的税率缴纳个人所得税。股权转让的诉讼时效为三年，自权利人知道或者应当知道之日起计算。

一、自然人股东股权转让如何缴纳个人所得税？

个人所得税转让自然人股东股权的方式如下：

1.个人转让股权的收入属于财产转让收入项目。转让财产的收入减去财产原值和合理费用后的余额，按20%的税率缴纳个人所得税，依次征收；

2.股权转让所得应缴纳的个人所得税，是股权转让收入减去股权转让过程中支付的相关合理费用后的20%。

根据《中华人民共和国个人所得税法》第三条的个人所得税税率，司盟企业服务提醒您：

(一)综合收入适用于超额累进税率(税率表附后)的3%至45%；

(二)经营收入适用于超额累进税率(附税率表)5%至35%；

(三)利息、股息、红利收入、财产租赁收入、财产转让收入和意外收入适用比例税率，税率为20%。

二、公司股权转让需要什么

有限责任公司股东转让。有限责任公司股东转让股权的，应当自转让股权之日起30日内申请转让登记，并提交下列文件：

1、法定代表人签署的《公司转让登记申请书》（公司加盖公章）；

2、公司签署《公司股东发起人）出资情况表》（公司加盖公章）；

3、公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》（公司加盖公章）及指定代表或委托代理人的身份证复印件（本人签字）应标明具体委托事项、被委托人的权限、委托期限；

4、有限责任公司提交股东会决议（由全体股东签署，股东为自然人的由本人签字；自然人以外的股东加盖公章）；

5、股权转让协议或者股权交割证明（由转让双方签署，股东为自然人的由本人签字；自然人以外的股东加盖公章）；

6、新股东的主体资格证明或自然人身份证明（同”设立登记“）；

7、公司章程修正案（公司法定代表人签署），也可以提交修改后的公司章程（股东签字盖章或公司法定代表人签署）；

8、法律、行政法规和国务院决定规定转让股东必须报经批准的，提交有关的批准文件或者许可证书复印件；

9、公司营业执照副本。

三、股权转让登记程序

根据《企业登记程序规定》的规定，股权转让转让登记，依照如下程序办理：

有限责任公司股东转让股权的，在转让股权之日起30日内申请转让登记。申请时需要提供如下材料；

法定代表人签署的《公司转让登记申请书》（公司加盖公章）;

公司签署《公司股东（发起人）出资情况表》（公司加盖公章）;

公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》（公司加盖公章）及指定代表或委托代理人的身份证复印件（本人签字），应标明具体委托事项、被委托人的权限、委托期限。

有限责任公司提交股东会决议（由全体股东签署，股东为自然人的由本人签字;自然人以外的股东加盖公章）;有限责任公司未就股东转让股权召开股东会的或者股东会决议未能由全体股东签署的，应当提交转让股权的股东就股权转让事项发给其他股东的书面通知、其他股东的答复意见，其他股东未答复的，须提交拟转让股东的说明。

股权转让协议或者股权交割证明（由转让双方签署，股东或发起人为自然人的由本人签字;自然人以外的股东或发起人加盖公章）;

新股东的主体资格证明或自然人身份证明;

公司章程修正案（公司法定代表人签署）;

法律、行政法规和国务院决定规定转让股东必须报经批准的，提交有关的批准文件或者许可证书复印件;