2008年1月1日起实施的《中华人民共和国企业所得税法》采用了国际上通行的法人所得税制，即以法人企业为企业所得税的纳税主体。

随着市场经济的不断发展，许多法人企业根据经营需要，跨地区设立多个分支机构，利用各地资源优势在竞争中求发展。

新《企业所得税法》第五十条明确规定：“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。”

长期以来，我国企业所得税为中央与地方财政分享的税种，即共享税。

法人所得税制带来的突出问题在于：对于属于中央与地方共享税的企业所得税，如果非法人的分支机构将全部税款缴到总公司所在地入库，将不可避免地区间的利益转移，同时由于分支机构分享了地方提供的公共产品和公共服务，如果没有税收贡献，制约了地方经济建设及全国经济均衡高效的运行。

为妥善处理好地区间利益分配关系，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第一百二十五条做出相关规定：

“企业汇总计算并缴纳企业所得税时，应当统一核算应纳税所得额，具体办法由国务院财政、税务主管部门另行制定。”随后国务院批准出台《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》(财预[2008]10号)文件，总局在此基础上又制定了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》(国税发[2008]28号)文件，这两个文件分别从财政预算及税收征管的不同方面加以规定，旨在合理利用税收手段妥善处理地区间利益分配关系，有效解决法人所得税制度下税源跨地区转移的问题。

随后又出台的一些配套政策，特别是《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》(国税函[2009]221号)文件，对具体的政策执行有非常强的指导作用。

跨地区汇总纳税“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理原则，由总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。

上述政策，在汇总纳税企业年度汇算清缴申报时与一般企业的区别主要体现在以下几点：

一、汇总纳税企业纳税申报数据为法人企业核算的全部数据

企业下设分支机构会根据自身情况确定独立核算还是由总机构统一核算即非独立核算的方式。

无论会计采用何种方式，总机构在申报企业所得税时作为一个法人企业，预缴及汇算清缴的各项申报数据是法人企业整体核算的结果，各分支机构都不需要单独核算利润、计算应纳税所得额。

1、收入的确认

一般情况下，企业将所属独立核算的分支机构核算的收入汇总到总部统一申报;非独立核算分支机构的收入确认与一般企业一样不需要总机构单独处理。

因此汇总纳税企业应注意将总机构及各分支机构取得的各项收入一并计入应纳税所得额。

例1：A企业为2003年在北京成立的一家高新技术企业企业，并分别在2004-2006年下设三家独立核算的分支机构：

上海分公司-A

1、深圳分公司-A

2、西宁分公司-A3.2009年A企业总部销售收入1500万元、分支机构A1销售收入450万元、分支机构A2销售收入360万元、分支机构A3销售收入130万元，A企业2009年销售收入2440万元(1500+450+360+130)。

如果A企业下设的三家分支机构A

1、A

2、A3不独立核算，其销售收入由总公司统一核算。

2、扣除项目的确认

汇总纳税企业税前项目的处理原则与收入确认一致，各项税前扣除数据不需要考虑各分支机构的情况由法人企业统一核算。

如工资、职工福利费等三项经费、业务招待费、业务宣传费、广告费、利息支出等都是法人企业全部数据，税前扣除的各项指标统一计算扣除，不对分支机构单独计算税前扣除限额。

例2：如果例1中A企业总部及三家分支机构2009年度发生的业务招待费、广告费如表1所示

A企业2009年纳税申报时：

一是发生业务招待费110万元，税前扣除限额由2440×5‰=12.2(万元)与110×60%=66(万元)比较后孰小的原则为12.2万元，纳税调增额=110-12.5=97.5(万元);

二是发生广告费305万元，税前扣除限额为2440×15%=122(万元)，纳税调增额=305-122=183(万元)。

上述申报体现了法人税的实质，各分支机构不单独计算应纳税所得额，各类涉税事项由总机构统一计算。

实践中，新税法执行后，税务机关不需要再对符合28号文件规定条件的分支机构进行单独的企业所得税检查。

二、汇总纳税企业总机构和分支机构处于不同税率地区减免税款的计算相对复杂

2008年1月1日法人税制的实施，享受减免税的主体为法人企业，不会对某一独立核算的分支机构单独减免税。

因此新税法实施后，汇总纳税企业与一般企业享受减免税的资格及审批方式一致，区别在于总机构对企业审批的各项减免适用于法人企业及所属各分支机构，各分支机构不再单独申请减免税优惠。

如果例1中A企业取得了高新技术企业证书，申请2009年度享受高新技术减免税及技术开发费加计扣除的优惠政策，由总机构主管税务机关依据税法审批、备案后A企业总机构及3家分支机构2009年度纳税申报时一并享受，不需要其分支机构再向所在地单独主管税务机关单独申请。

目前，汇总纳税企业总机构和分支机构处于不同税率地区计算减免税的政策规定出处是由于旧税法的企业所得税纳税主体为独立核算的纳税人，独立核算的分支机构如果符合条件可以按独立纳税人享受减免税优惠，导致总机构和分支机构税率不一致。

因此财政部、国家税务总局《关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》财税 [2009]69号文件明确：

“企业在2007年3月16日之前设立的分支机构单独依据原内、外资企业所得税法的优惠规定已享受有关税收优惠的，凡符合《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》(国发[2007]39号)所列政策条件的，该分支机构可以单独享受国发[2007]39号规定的企业所得税过渡优惠政策。”《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》国税函[2009]221号文件进一步明确：

“除《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》(国发[2007]39号)、《财政部 国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》(财税[2008]1号)和《财政部 国家税务总局关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》(财税[2008]21号)有关规定外，跨地区经营汇总纳税企业不得按照上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税，应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。”