巴黎公约中虽然包含了一些商标注册的最低标准义务,但是与现实需要存在较大差距.例如,跨国商标注册的首要障碍是各国商标注册主题标准不统一的问题,表现在显著性要求、注册类型、实际使用要求的差异,但巴黎公约对此缺少具体的统一规则,特别是巴黎公约第六条之六并不要求对服务商标必须给予注册,无法适应国际服务贸易的迅猛发展.加强商标私权保护的趋势也要求对注册商标活动的权利予以明确的保障,巴黎公约也未包含明确的商标权利界定与保障标准.此外,驰名商标保护问题成为国际贸易的核心问题,巴黎公约对驰名商标的保护方面仅限于未注册的驰名商标,同时缺乏明确的认定标准,也无法满足跨类保护的需求.在程序方面,巴黎公约仅有优先权与公布的规定,而缺乏其他必要的保障程序性规定.巴黎公约商标注册制度的自身特点决定了上述问题的产生.巴黎公约商标注册制度以国民待遇与独立原则作为商标注册协调的基础原则,这两项原则以维持地域性保护为出发点,尊重成员自行立法的权利,但在一定程度上也助长了各成员国商标注册制度的差异性对商标跨国注册造成的障碍.巴黎公约对成员国国内注册的具体实施制度难以施加有效影响,也无法要求国内司法与行政部门实施保障商标权利的具体措施.巴黎公约允许通过国际法院解决成员义务履行所产生的争议方面,但是这一机制难以有效适用.（巴黎公约第二十八条"争议"规定:

(1)本联盟两个或两个以上国家之间对本公约的解释或适用有争议不能靠谈判解决时,有关国家之一可以按照国际法院规约将争议提交该法院,除非有关国家就某一其他解决办法达成协议.将争议提交该法院的国家应通知国际局;国际局应将此事提请本联盟其他国家注意.(2)每一国家在本议定书上签字或递交批准书或加人书时,可以声明它认为自己不受第(1)款规定的约束.关于该国与本联盟任何其他国家之间的任何争议,上述第(1)款的规定概不适用.(3)根据上述第(2)款提出声明的任何国家可以在任何时候通知总干事撤回其声明.但是迄今国际法院并未审理过任何涉及巴黎公约义务履行的案件.）

需要指出的是,巴黎公约第六条之五A(1)规定"同样"(asis)义务以便在更多国家进行商标注册,且成员国不得以申请注册商标未在本国先申请注册为由加以拒绝.但是该义务作为国民待遇与独立保护的例外,适用范围很窄,只限于不得以商标形式方面的理由拒绝已经在其他成员国正式注册的商标,实质上商标能否获得注册仍取决于原属国与寻求注册国的双重审查,该义务并未就巴黎公约成员国内法实体规则进行统一.