上海注册公司登记备案事项发生变更未依法办理有关变更登记和备案手续的，属于情节轻微的违法行为，登记机关应当给予纠正的机会，首先应责令市场主体限期登记或备案，在限期内仍不登记或备案己再依法予以处罚。

《公司法》第二百一十二条第二款和《公司登记管理条例》第七十三条规定，对公司登记事项发生变更时，未依法办理有关变更登记的，由公司登记机关责令限期登记；逾期不登记的，处以一万元以上十万元以下的罚款。

《企业法人登记管理条例》第三十条第一款第二项和《企业法人登记管理条例施行细则》第六十三条第一款第三项、第四项规定，对非公司企业法人擅自改变主要登记事项，不按规定办理变更登记的，予以警告，没收非法所得，处以非法所得额三倍以下的罚款，但最高不超过三万元，没有非法所得的，处以一万元以下的罚款，并限期办理变更登记；逾期不办理的，责令停业整顿或者扣缴营业执照；情节严重的，吊销营业执照。

超出核准登记的经营范围或者经营方式从事经营活动的，视其情节轻重，予以警告，没收非法所得，处以非法所得额三倍以下的罚款，但最高不超过三万元，没有非法所得的，处以一万元以下的罚款。

同时违反国家其他有关规定，从事非法经营的，责令停业整顿，没收非法所得，处以非法所得额三倍以下的罚款，但最高不超过三万元，没有非法所得的，处以一万元以下的罚款；情节严重的，吊销营业执照。