作为司法机关的人民法院对注册商标侵权行为的处理,主要是由最高人民法院和地方各级人民法院来履行职责.人民法院处理注册商标侵权行为的权限主要是:处理有关注册商标侵权的民事纠纷;处理当事人不服行政执法机关的处罚决定的行政争议;依法追究构成犯罪的注册商标侵权人的刑事责任.

根据《商标法》的规定,被侵权人不向工商行政管理机关控告而直接向人民法院提起的诉讼;根据《知识产权海关保护条例》的规定,海关决定扣留侵犯商标专用权嫌疑货物,有关当事人在规定的时间内将侵权争议向人民法院提起的诉讼,都是由人民法院处理的注册商标侵权纠纷,应按民事诉讼程序进行审理.人民法院审理査实注册商标侵权行为成立的,可以对侵权纠纷进行调解,调解不成的,应当及时判决或者裁定侵权人立即停止侵害,消除影响,赔偿被侵权人的损失.海关在人民法院的裁决生效后,应就其扣留的侵权嫌疑货物、有关当事人提供的担保金等进行处理.当事人对工商行政管理机关关于注册商标侵权行为的处罚决定不服而向人民法院提起的诉讼,收货人或者发货人对海关因其进口或者出口货物侵犯他人商标专用权的处罚决定不服而向人民法院提起的诉讼,都是由人民法院处理的注册商标侵权行政争议应按行政诉讼程序进行审理.

人民法院对上述案件在审理过程中发现构成犯罪的,应移送检察机关侦查起诉.人民法院对上诉案件通过审理作出判决或者裁定.当事人对一审判决或者裁定不服的,有权在判决书送达之日起15日内在裁定书送达之日起10日内,向上一级人民法院提起上诉,由二审法院作出终审判决或者裁定.《商标法》第五十三条规定了工商行政管理机关认定侵权成立的,责令立即停止侵权行为,没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具并可处以罚款.但对法院认定侵权成立的,可否没收销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品伪造注册商标标识的工具,并可处以罚款未作规定,实践中人民法院对侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具采取司法措施,是十分必要的.为此,《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释援引了《民法通则》第一百三十四条第三款关于民事制裁的法律规定,即"人民法院审理民事案件,除适用上述规定外,还可以子以训诫、责令具结悔过、收缴进行非法活动的财物和非法所得,并可以依照法律的规定处以罚款拘留."

《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十一条对此作了进一步的解释,"人民法院在审理侵犯注册商标专用权纠纷案件中,依照民法通则第一百三十四条、商标法第五十三条的规定和案件具体情况,可以判决侵权人承担停止侵害、排除妨碍、消除危险、赔偿损失、消除影响等民事责任,还可以作出罚款,收缴侵权商品、伪造的商标标识和专门用于生产侵权商品的材料、工具、设备等财物的民事制裁决定.

罚款数额可以参照《中华人民共和国商标法实施条例》的有关规定确定.工商行政管理部门对同一侵犯注册商标专用权行为已经给与行政处罚的,人民法院不再予以民事制栽".当事人对于发生法律效力的人民法院的判决拒不执行,如属于责令停止侵权行为、罚款的由人民法院强制执行;如属于判处侵权人赔偿被侵权人损失的由被侵权人申请人民法院强制执行.（商标注册就上铭优宝.）