因为我国商标保护采取了行政保护和司法保护的双轨制,所以很容易产生两种保护方法同时或者先后进入同一案件甚至作出不同处理的矛盾.而不管是行政保护还是司法保护,都有"一事不再理"的原则,并且,行政保护与司法保护不能分别对同一侵权行为作出同一处理.为了解决这一矛盾,我国不同时期有不同的处理方式.国家工商行政管理总局原来规定:"如果当事人先向法院起诉,工商行政管理机关不再就同一当事人提出的同商标纠纷控告立案受理."最高法院从司法的角度也出具了一个倾向性的意见,即注册商标权人或利害关系人已经向工商行政管理部门提出商标侵权案控告的,在工商行政管理部门查处期间,法院不受理其就同一事实向法院提起的商标侵权诉讼.按照这些规定,商标侵权案件如果行政处罚了,当事人就不能起诉;同样如果已经起诉,工商行政管理局也不再立案受理.

2002年10月最高人民法院颁布的《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十一条第二款规定:"工商行政管理部门对同一侵犯注册商标专用权行为已经给予行政处罚的,人民法院不再予以民事制裁."根据本条的规定,对同一个商标侵权案件,如果工商行政管理部门已经给予行政处罚,又向法院提起诉讼,法院还是应当受理的,只是在判决时不再对侵权人予以民事制裁.因为对于同一个商标侵权案件,商标权人可以先后或同时要求工商行政管理局对侵权人进行行政处罚,并向法院起诉要求侵权人进行民事赔偿,这样将使侵权人受到双重的惩罚,这显然有违过罚相当原则,是不合理的.3.行政处罚与刑事责任如何区分

侵犯商标权情节严重的,要承担相应的刑事责任.那么,什么情况下要承担刑事责任呢?在一般的情况下,被侵权人并不能把握这个尺度.一般来讲,商标侵权罪与非罪主要看经营额,如果侵权额在5万元以下,不承担刑事责任.如果工商行政管理局在查处过程中发现经营额达到5万元以上,将向公安机关移送,由公安机关作为刑事案件来处理.