首先，企业需要明确自己是否符合软件企业的认定标准。这通常包括在我国境内依法设立、以计算机软件开发生产、系统集成、应用服务和其他技术服务为其主要业务和收入来源、具有一种以上由本企业开发或由本企业拥有知识产权的软件产品等条件。

接下来，企业需要在相关部门官方网站进行网上申报，填写相关信息并上传准备好的证明材料。完成网上申报后，还需将纸质申请材料递交至相关部门指定的受理窗口。

提交材料后，相关部门会对申请材料进行形式审查。审查通过后，申请将进入专家评审环节。在这一环节，评审专家将对申请企业的认定条件、技术能力、知识产权等方面进行评估，并形成评审意见。

评审结束后，相关部门会公示认定结果。如公示无异议，则颁发软件企业认定证书。企业可在公示结束后前往相关部门领取证书。