1、在预算编制中，管理者对财务管理改革实施不强，预算方法不合理，实际预算标准不明确，执行力度存在一定差距；绩效考核是事业单位经营活动的评价阶段，在具体实施过程中，形式往往大于内容，评价结果模糊；同时，预算编制缺乏长期的监督制约机制，监管力度不到位。

2、政府采购实施时间短，事业单位采购工作发展迅速，但仍存在一系列问题，人们对政府采购的认知存在误解，政府采购不仅是财务费用的一个环节，这是事业单位财务改革的优化措施，部门事业单位为了维护政府采购的个人损益；同时，部门采购人员不承认采购行为，工作态度消极，缺乏创新，缺乏监督，导致采购实施过程中存在漏洞。

3、事业单位财务人员素质直接关系到财务管理。现阶段，事业单位财务人员素质普遍较低，对财务工作认识水平不足，职业道德意识淡薄，部分工作人员专业能力不足，缺乏实际工作经验，对法律法规认识不清，导致财务管理过程中出现事物甚至违法行为。

4、会计基础工作是事业单位财务管理的重要环节，但在这个基础阶段存在许多不规范的行为，如文件、票据和会计凭证不完整，有的擅自使用自制或非法文件；其次，重点项目和科研费用也存在不足，没有明确的限制和具体的标准。此外，会计人员缺乏节约意识，经常出现超支，预算与支出差距很大。

5、从一个大方面来看，近年来，财务管理法律法规不断发展和优化，但不可否认存在漏洞：缺乏法律概念是公共机构改革过程中的一个重大问题，同时，少数财务管理法律法规不切实际，表达不清楚，导致法律法规实施标准不统一，严重破坏法律的公平性。