上海注册公司合伙企业的合伙协议如果约定合伙期限的，合伙期限发生变更，也应当办理合伙期限的变更登记。《合伙企业登记管理办法》第十九条规定，合伙企业申请变更登记，应当向原企业登记机关提交下列文件：

（一）执行事务合伙人或者委派代表签署的变更登记申请书；

（二）全体合伙人签署的变更决定书，或者合伙协议约定的人员签署的变更决定书；

（三）国务院工商行政管理部门规定提交的其他文件。

法律、行政法规或者国务院规定变更事项须经批准的，还应当提交有关批准文件。

按《合伙企业文书规范》的要求，合伙企业变更合伙期限还应当提交全体合伙人签名、盖章的新修改的合伙协议或者依据设立登记时合伙协议的约定作出的修改合伙协议的决议。